De structuur binnen Nieuwe Thermen voorziet in goede begeleiding en zorg voor het geval leerlingen en onderwijsmedewerkers hier behoefte aan hebben.
De eerste en tweede lijn is binnen Nieuwe Thermen georganiseerd, via de mentor-coach en de ondersteuningscoördinator. De derde lijn zorg is extern en wordt zo nodig door de ondersteuningscoördinator ingeschakeld. De mentor-coach is voor leerlingen, ouders en onderwijsmedewerkers de centrale spil in de zorg. Het individueel plan en de Thermenmeter zijn twee belangrijke hulpmiddelen bij het bieden van de juiste zorg voor iedere leerling.
Ook begeleiders hebben extra ondersteuning nodig, zodat zorgleerlingen zo lang mogelijk aan het reguliere onderwijsproces kunnen deelnemen. Coachen en ondersteunen van de onderwijsmedewerkers bij de interactie met de leerling is voor de zorgcoördinator, in overleg met de Begeleider Passend Onderwijs (BPO-er), dan ook een speerpunt.